«Jonathan ist schon von acht Schulen geflogen. Als er im Internat des berühmten Thomanerchors in Leipzig ankommt, glaubt er nicht, dass er lange bleiben wird. Doch Hauslehrer Justus nimmt sich seiner an, und der begabte Jungsänger findet schnell Anschluss. Die Internatsschüler liegen im dauernden Clinch mit den «Externen», Kindern aus ihrer Klasse, die bei den Eltern zu Hause leben. In ihrem Geheimtreff, einem verlassenen Eisenbahnwaggon, kommen sie einem rätselhaften Fremden auf die Spur. Und kurz vor Weihnachten finden die Schüler ein vergilbtes Manuskript, das sie für die anstehende Weihnachtsaufführung bearbeiten. Doch in den Tagen vor dem Fest kommt es zu turbulenten Entwicklungen. Nur dank ihrer Freundschaft und Solidarität – und dank gegenseitigem Vertrauen zwischen Kindern und Erwachsenen – schaffen es die Freunde im Internat, das Unheil abzuwenden.
Das fliegende Klassenzimmer ist die mittlerweile dritte, moderne Verfilmung des Kinderbuchklassikers von Erich Kästner – spannend inszeniert und mit einigen Unterschieden gegenüber der Romanvorlage: Auch Mädchen spielen jetzt eine wichtige Rolle, das Internat liegt in Ostdeutschland und bezieht die jüngere deutsche Geschichte mit ein, und Tomy Wigands Version ist mit Rap unterlegt.» (Kino Xenix)